Os materiais com carbono encontrados ao redor da amostra de madeira ou do carvão vegetal quando ainda estavam enterrados, bem como os que foram usados durante a coleta e preservação, poderão ter alterado o seu conteúdo de carbono 14. Qualquer material que aumenta o conteúdo de carbono de uma amostra é considerado um contaminante.
Os contaminantes naturais de madeira e carvão vegetal são introduzidos ao ambiente pós-deposicional, tais como os ácidos húmicos e fúlvicos encontrados no solo. Estes ácidos são produzidos pela degradação microbiana dos tecidos vegetais e animais. As intrusões radiculares também introduzem carbono moderno em amostras de madeira e carvão vegetal. O calcário também é outro possível contaminante, dependendo do local da escavação.
Os contaminantes artificiais de amostras de madeira e carvão vegetal são introduzidos por negligência ou desconhecimento das pessoas que coletam e processam as amostras. As cinzas de cigarro, cabelos e fibras, papel de embalagem, óleo, graxa e até mesmo cola são exemplos de contaminantes artificiais.
O efeito da contaminação em amostras de madeira e carvão vegetal submetidas à datação por radiocarbono com a técnica AMS depende do tipo de contaminante, do grau de contaminação e da idade relativa das amostras e dos contaminantes.
Se o calcário não for removido antes da datação por radiocarbono pela técnica AMS, os resultados serão consideravelmente mais antigos do que a idade real da madeira ou do carvão porque o calcário, que é de origem geológica, será muito mais antigo do que qualquer amostra arqueológica.
Os ácidos húmicos e fúlvicos podem se anexar à superfície da madeira e do carvão vegetal e trocam carbono em um processo chamado adsorção. Esta ocorrência pode fazer com que a idade de radiocarbono da amostra seja demasiadamente recente ou antiga, dependendo da idade do organismo que produziu os ácidos orgânicos. A penetração de raízes nas amostras de carvão vegetal ou madeira também introduz carbono moderno às mesmas.
Geralmente, os contaminantes com ação infinita adicionam um número considerável de anos à idade real de uma amostra de carvão vegetal ou madeira, enquanto que o carbono moderno faz com que qualquer amostra pareça significativamente mais recente.
A fim de obter resultados precisos, os laboratórios de AMS realizam pré-tratamentos em todas as amostras de madeira e carvão vegetal antes de submetê-las à datação por radiocarbono.
A retirada da contaminação sem o uso de produtos químicos é considerada um pré-tratamento físico. O pré-tratamento físico aplicado à madeira e ao carvão em laboratórios de AMS inclui a remoção de radículas de plantas com o uso de pinças, a limpeza pela raspagem da superfície com um bisturi e a diminuição do tamanho da amostra.
Os laboratórios de AMS usam um martelo ou talhadeira para lascar a madeira, que também pode ser pulverizada em serragem em moinhos. Um técnico de um laboratório de AMS tritura amostras de carvão vegetal em uma placa de petri ou pilão. A diminuição de tamanho é feita para aumentar a superfície da amostra para os pré-tratamentos seguintes.
O pré-tratamento químico é feito antes da datação por carbono 14 com a técnica AMS para garantir que todos os contaminantes possíveis tenham sido removidos antes da análise.
Diferentes laboratórios de AMS podem ter pequenas variações em seus procedimentos de pré-tratamento químico de carvão vegetal ou madeira, mas na maioria das vezes, eles usam os mesmos produtos químicos. As concentrações químicas, as temperaturas, os períodos de exposição e o número de repetições dependem muito da condição e natureza da amostra que esteja sendo analisada.
Os técnicos dos laboratórios de AMS lavam as amostras de madeira e carvão vegetal com ácido clorídrico (HCl) quente para eliminar carbonatos. Em seguida, é aplicada uma solução alcalina como o hidróxido de sódio (NaOH) para remover os ácidos orgânicos remanescentes. O último passo é banhar a amostra com ácido para neutralizar a solução alcalina antes de secá-la.
Também há casos em que as amostras de madeira ou carvão vegetal são lavadas apenas em uma solução ácida. Isto é feito quando a fonte de carbono é solúvel em um alcalóide. No entanto, o resultado da datação por carbono reflete o conteúdo orgânico total.
No caso das amostras de madeira demasiadamente antiga ou contaminada, os técnicos dos laboratórios de AMS acrescentam uma etapa de extração de celulose após o tratamento ácido-alcalino-ácido. A extração de celulose é feita com a imersão da amostra em uma solução de clorito de sódio (NaClO2) em pH e temperatura controlada.